Болденон може перетворюватися в естроген, але менше, ніж у тестостерон, крім того, болденон метаболізується до 1,4-діендіону, який є потужним інгібітором ароматази.Болденон перетворюється під дією 5-альфа-редуктази в 1-тестостерон, більш потужний стероїд, а також у 5-бета-ізомер, який вважається неактивним метаболітом.Зв’язування з SHBG значно нижче з болденоном, ніж з тестостероном, що означає більшу концентрацію вільної плазми, але менший період напіввиведення в плазмі.Зв’язування з прогестероновими або глюкокортикоїдними рецепторами практично відсутнє, а реальних даних про взаємодію болденону з різними ферментними системами немає.

Болденон діє подібно метандростенолону з меншими несприятливими андрогенними ефектами.Він має дуже тривалий період напіввиведення і може виявлятися під час тесту на стероїди до 5 місяців через довгий ефір ундециленату, приєднаний до вихідного стероїду.Слідові кількості препарату можна легко виявити протягом місяців після припинення використання.

Хоча його зазвичай порівнюють з нандролоном, болденон не має взаємодії з рецепторами прогестерону та всіх пов’язаних з цим прогестагенних побічних ефектів.